生物医学工程学院根据行政、党务、教学、科研以及学生工作的需要设置如下16个科室：
一、院长办公室
电话：0769-22896900
二、副院长办公室
电话：0769-22896901
三、党委书记办公室
电话：0769-22896902
四、党委副书记办公室
电话：0769-22896902
五、学院办公室
电话：0769-22896906 信箱：广东医科大学东莞校区1345
六、教学科
电话：0769-22896906 信箱：广东医科大学东莞校区1345
七、科研科
电话：0769-22896902 信箱：广东医科大学东莞校区1345
八、辅导员工作室
电话：0769-22896903 信箱：广东医科大学东莞校区1345
九、生物医学工程系
电话：0769-22896276 0769-22896340 信箱：广东医科大学东莞校区1332
十、信息工程系
电话：0769-22896345 0769-22896305 信箱：广东医科大学东莞校区1345
十一、物理教研室
电话：0769-22896309 0769-22896320
信箱：广东医科大学东莞校区1307
十二、数学教研室
电话：0769-228966680 0769-22896073
十三、计算机科学教研室
电话：0769-22896306 0759-2388573 信箱：广东医科大学东莞校区1335
十四、公共基础实验教学示范中心
电话：0769-22896419
十五、生物医学工程研究室
电话：0769-22896340
十六、医药信息研究室
电话：0769-22896680
